该病是由真菌引起的。危害幼苗、茎部、叶片和果实等。是冬春保护地栽培中的毁灭性病害。苗期发病茎基部初呈水浸状浅褐色斑，后变棕褐色，湿度大时长出白色棉絮状菌丝，或软腐，但不产生臭味，病苗呈立枯状死亡。成株茎或分杈处易发病，发病茎呈灰白色，湿度大时病部表面生有白色棉絮状菌丝体，后茎部皮层霉烂。叶片发病呈水浸状软腐，引起叶片脱落。果实发病时果面先变褐色，呈水浸状腐烂，逐渐向全果扩展，有的先从脐部开始向果蒂扩展至整果腐烂，表面长出白色菌丝体。
幼苗。苗期发病在茎基部呈水渍状病斑，以后病斑变浅褐色，环绕茎一周，湿度大时病部易腐烂，无臭味，干燥条件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。成株期。主要发生在主茎或侧枝的分杈处，病斑环绕分杈处，表皮呈灰，白色，从发病分衩处向上的叶片青萎，剥开分杈处，内部往往有鼠粪状的小菌核。果实染病，往往从脐部开始呈水渍状湿腐，逐步向果蒂扩展至整果腐烂，湿度大时果表长出白色菌丝团。
苗期发病茎基部初墨水浸状浅褐色斑，后变棕褐色，迅速绕茎一周，湿度大时长出白色棉絮状菌丝，或软腐，但不产生臭味，干燥后呈灰白色，病苗呈立枯状死亡。成林茎或分权处易发病，发病茎呈灰白色，湿度大时病部表面生有白色棉絮状菌丝体，后茎部皮层霉烂，病茎表面或髓部形成黑色菌核。菌核鼠粪状。干燥时植株表皮破裂，纤维束外露似麻状。叶片发病呈水浸状软腐，引起叶片脱落。
辣椒发生菌核病的症状:苗期染病茎基部初呈水渍状浅褐色斑,后变棕褐色,迅速绕茎一周。湿度大时长出白色棉絮状菌丝或软腐,但不产生臭味,干燥后呈灰白色,病苗呈立枯状死亡。
苗期发病在茎基部呈水渍状病斑，以后病斑变浅褐色，环绕茎一周，湿度大时病部易腐烂，无臭味，干燥条件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。成株期，主要发生在主茎或侧枝的分杈处，病斑环绕分杈处，表皮呈灰，白色，从发病分衩处向上的叶片青萎，剥开分杈处，内部往往有鼠粪状的小菌核。
