轮作倒茬：根据调查结果表明，土壤中的菌核要经过2年左右的时间，才能够促使成活率降到40%左右；经过3年左右才能够将存活率降到18%左右。由此得出，谷子以及玉米等作物进行对应的倒茬，在某种程度上可以有效地抑制菌核侵染，一般实行3-5年的轮作周期才有效。选用抗病品种。拔除病株，清除病残体，秋耕深翻压埋菌核。
选择抗病品种，轮作捯茬，加强田间管理，拔除病株，清除病残体，秋耕深翻压埋菌核：在发病初期，将病株带土挖出深埋，尽可能减少病株与健株之间接触传染的机会。收获后也要及时将田间杂草和残根落叶就地深埋或焚烧，以破坏菌核越冬场所。
农业防治：(1)与禾本科作物实行3～5年轮作。(2)及时深翻，覆盖地膜，防止菌核萌发出土。对已出土的子囊盘要及时铲除，严防蔓延。(3)进行土壤消毒。
