药剂防治。每平方米苗床土用25％多菌灵可湿性粉剂，或40％五氯硝基苯10克拌细干土1千克，撒在土表，耙人土中后播种。每平方米用40％福尔马林20—30毫升加水2.5～3升，均匀喷洒于土面上，拌匀后堆起，用潮湿的草帘或薄膜覆盖，闷2－3天以杀灭病菌，然后揭开覆盖物，把土壤摊开，晾15—20天待药气散发后再播种或定植。发病后喷药，常用农药有50％多菌灵或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，50％农利灵可湿性粉剂1000倍液，50％乙、扑可湿性粉剂800倍液。棚室也可选用10％速克灵烟剂或45％百菌清烟剂熏治，每667平方米每次200克。每隔10天左右喷1次，连续防治2，3次。
可用菌核净或菌核清喷雾防治。
辣椒菌核病可以用多菌灵防治。
辣椒的菌核病可以用多菌灵防治。
80%喷克可湿性粉剂600-800倍液；75%百菌清可湿性粉剂600倍液；50%多菌灵可湿性粉剂800倍液。每10天左右喷药一次，共2-3次。
