发病初期摘除病叶病果，而后喷药，应掌握在雨前雨后喷药，并可采取灌根与喷雾相结合。可喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%施保功可湿性粉剂1500-2500倍液。
从无病果留种，减少初侵染菌源。若种子有带菌可疑，可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时，冲洗干净后催芽播种。清除病残体，收后播前翻晒土壤；施足优质有机基肥；高畦深沟种植便于浇灌和排水降低畦面湿度；适当增施磷钾肥；田间发现病果随即摘除带出田外销毁。种植抗病品种：开发利用抗病资源，培育抗病高产的新品种。一般辣味强的品种较抗病，可因地制宜选用。
可用55℃温水浸种10min，进行种子处理。或用凉水预浸1～2小时，然后用55℃温水浸10分钟，再放入冷水中冷却后催芽播种。也可先将种子在冷水中浸10～12小时，再用1%硫酸铜浸种5分钟，或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸1小时，捞出后用草木灰或少量石灰中和酸性，再进行播种。
加强通风排湿:辣椒炭疽病是一种高温高湿型病害,高温高湿是造成该病发生的主要环境条件,在管理上,要定期通风换气,降低棚内湿度,创造不利于病害发生的环境条件。
消毒育种：用4%农抗120瓜菜烟草专用型100倍液浸种12小时，捞出凉半干后直接播种。也可先用凉水预浸1-2小时，然后用55℃温水浸10分钟或用50℃温水浸种30分钟，取出后用清水冲洗，冷却后催芽播种。也可用冷水浸种10-12小时后，再用1%硫酸铜溶液浸种5分钟，取出后加上适量消石灰或草木灰拌种，立即播种。或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时，清水冲洗，催芽播种。
辣椒炭疽病在发病初期，可用70%代森锰锌可湿粉171～240克/亩，或325克/升苯甲.嘧菌酯悬浮剂20～50毫升/亩，等药剂喷雾防治，隔7～14天再次防治。具体应按农药标签要求使用。
农业防治方案防治辣椒炭疽病，应实行综合防治措施。播前翻晒土壤，减少初浸染源；选用无病种子，用50℃的热水浸种20分钟；合理密植，使辣椒封行后行间不郁蔽，果实不暴露；适当增施磷钾肥；防止田间积水；及时采果；发现病果立即摘除带出田外销毁；重病田与瓜类和豆类蔬菜轮作2～3年。发病初期，用50%多菌灵可湿性粉剂或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾防治。保护地栽培可以每亩用45%百菌清烟剂250克熏蒸防治。
清洁田园:果实采收后，清除田间遗留的病果及病残体，集中烧毁或深埋，并进行一次深耕，将表层带菌土壤翻至深层，促使病菌死亡。可减少初侵染源、控制病害的流行。
选用抗病品种：由于辣椒疫病的传播途径多，病原菌的卵孢子在土壤中能长期存活，所以在适宜的温湿度情况下，很容易造成辣椒疫病的爆发流行，使辣椒在短期内大面积枯死。对辣椒疫病的防治措施中重要的一项工作就是选用和培育抗病品种。
要加强田间管理，避免高温高湿，注意排水，及时清除病叶、病果及残体，追肥适当增加磷钾肥的使用，结合浇水每亩可随水冲施普利登鱼蛋白及平衡型氮磷钾水溶肥。
