防治辣椒菌核一般可以用菌核净、异菌脲、戊菌隆、腐霉利、氟吡菌胺、噻菌灵、福美双等药物。
菌核病药物防治可用扑海因，速克灵等。
发病露地和棚室隐患栽培需要实行三年以上轮作方能奏效，因此轮作不易实施，而换土成本又较高。可选用以下减少菌源的办法：深耕翻土或者高温晒棚或者土壤药剂处理，每亩可用速克灵可湿性粉剂2千克进行消毒。生长期可以选用药剂防治，可用50%速克灵可湿性粉剂1000倍液，50%扑海因可湿性粉剂，1000倍液，70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液，以后视病情发展确定喷药次数。
选用良种，轮作換茬，浸种是解决问题的根本！
辣椒菌核病可以用菌核浄，扑海因等。
(1)与禾本科作物实行3～5年轮作。(2)及时深翻，覆盖地膜，防止菌核萌发出土。对已出土的子囊盘要及时铲除，严防蔓延。(3)进行土壤消毒。(4)药剂拌种或温汤于地面用脚来回滚动100～150次，使药粉均匀粘附在种子表面后播种。此外对带菌种子也可用52℃温水浸种20分钟，把菌核烫死，后移入净水中冷却。
菌核病是一种土传性病害，要做好轮作倒茬和土壤的消毒及种子处理。
辣椒菌核病防治可用菌核净，异菌脲，腐霉利等药剂防治。
农业防治为主，发病初期菌核净等农药防治。
轮作，温烫浸种，育苗土消毒，初期施药防治。
