菌核病用啶酰菌胺，异菌脲，腐霉利防治。
当黄瓜发生菌核病危害时，请及时用农药菌核净喷雾防治。
科学选种尽量在无病株上采种,以减少初侵染源,提高种子质量。种子消毒用10-15%的盐水或硫酸铵水溶液漂洗种子后,再用55℃的温水浸种10-15分钟,然后催芽播种,可以有效地降低种子带菌率。加强田间管理针对田间病株的传播,应及时清除中心病株.。针对*壤及*壤中的病残体传播,应深翻畦*将菌核埋入*层深处,使其不能产生子囊盘或子囊盘不能出*,然后灌水并覆盖地膜,经高温水泡,使菌核失去萌发能力,覆膜也可减少子囊孢子弹射,降低初侵染率。轮作与水生蔬菜、禾本科及葱蒜类蔬菜隔年轮作。
可以使用腐霉利等菌剂进行防治。
叶面喷施杀菌剂，结合田间干湿管理。
黄瓜菌核病的防治方法主要有茬口轮作、及时进行清洁田园以及加强栽培管理。在发病初期还可以喷药防治；春季遇连续阴雨，可选用烟熏防治；此外，当发现田间始发病的病株、病枝，还可将药剂用毛笔等涂在病部进行防治。
以生态防治为主，辅之以药剂防治，可以控制该病发生流行。菌核病防治难度较大，必须采取综合防治措施。
黄瓜菌核病用戊唑醇肟菌酯防治。
对黄瓜要每周喷一次专用药，并且保证水份充足，防治菌核病。
黄瓜菌核病防治：一是品种选择，药剂处理。二是合理轮作，也可以土壤消毒杀菌。三是发病初期用广谱性杀菌剂喷雾防治。
