黑木耳菌种质量鉴定包括：鉴定分离培养的菌种是否是栽培所需种类；鉴定菌种是否为优良菌株。正常菌种菌丝为洁白色，生命力旺盛，发菌培养45天后，瓶(袋)间自上而下出现菊花状或梅花型胶质原基，颜色为褐色。
若瓶(袋)有淡黄色液体或粘液，培养基收缩，说明菌种过期老化，应予淘汰。若菌种菌丝仅发至瓶(袋)1/3-1/2处时出现淡黑色的胶状耳基，说明菌种早熟，或扩大次数太多，或由于培养室光线过强。若菌丝只长一个角落而不蔓延，可能是培养基太干、过湿或干湿不均引起。若菌丝蔓延停止不前，并有一明显抑制线，多为杂菌所致。在培养菌前，可用护树大将军对菌种室进行严格的消毒处理。
