龙眼亦是多年生果树，病虫种类众多，但大部分可为害荔枝，主要有荔枝蝽象、蛀蒂虫、尖细蛾、尺蠖、多种卷叶虫、瘿螨、介壳虫等，增加了角颊木虱及病害方面的鬼帚病，叶斑病等。在病虫害的综合防治方面，亦应提倡农业防治、生物防治和化学防治相结合的措施。具体如下：
1.加强植物检疫，防止当地未发现的新病虫害传入近年来，许多地区大量发展龙眼种子、苗木和接穗调运频繁，一些刚种植龙眼的新区，要加强检疫，防止龙眼鬼帚病等传人。
2.以农业防治为基础结合疏花、疏果等作业，剪除鬼帚病和其他病虫的枝条病穗，取离果园，集中烧毁。清除地面枯枝残叶要从建园开始，加强栽培管理，龙眼是个极需肥作物，亦需要水分，因此，瘦瘠土地不宜种植龙眼，要施足基肥，合理施用氮、磷、钾等肥料，凡是肥水充足果园，鬼帚病和角颊木虱发生均较少。
3.大力推广生物防治，保护天敌有条件或树冠高大的龙眼园，尽可能释放平腹小蜂防治荔枝蝽象，保护好捕食性天敌如瓢虫、草蛉、螳螂和鸟类，以发挥多种自然天敌控制多种害虫作用。
4.化学防治尽可能用高效、低毒、低残毒农药，在虫害和病害同时发生，可用防虫防病药一齐混合喷雾，尽量不要用甲胺磷等高毒高残留农药。
龙眼病虫害综合防治，国内系统研究较少，有待于逐步完善。
