辣（甜）椒炭疽病是因半知菌亚门、刺盘孢属真菌侵染所致。病菌以分生孢子附于种子表面或以菌丝潜伏在种子内越冬，播种带菌种子便能引起幼苗发病；病菌还能以菌丝或分生孢子盘随病残体在土壤中越冬，成为下一季发病的初侵染菌源。越冬后长出的分生孢子通过风雨溅散、昆虫或淋水而传播。
病菌以拟菌核随病株残余组织遗留在田间越冬，也能以分生孢子和菌丝体附着在种子上越冬。田间病株残余组织内的拟菌核，在环境条件适宜时产生的分生孢子，通过雨水反溅或气流传播至寄主植物上，从寄主伤口侵入，引起初次侵染。侵入后经潜育出现病斑，并在受害部位产生新生代分生孢子，借风雨或昆虫等媒介传播，进行多次再侵染，加重危害。
