目前还没有明确的病因，不过主流观点认为是真菌或霉菌感染了植株根茎部位，造成水分不能运输到茎叶上，导致茎叶失水枯萎。
在西瓜苗期有发生，病菌在15℃左右的温度环境中繁殖较快，30℃以上繁殖受到抑制。土壤温度10℃左右不利瓜苗生长，而此菌能活动，故易发病。一般在3月下旬、4月上旬，连日阴雨并有寒流，发病较多。
西瓜苗期立枯病与品种的抗病性和棚內湿度等因素。
瓜立枯病。西瓜立枯病主要侵害植株根尖及根，初发病时在苗茎基部出现椭圆形褐色病斑，叶片白天萎蔫，晚上恢复，以后病斑逐渐凹陷，发展到绕茎一周时病部缢缩干枯，但病株不易倒伏，呈立枯状。
病菌生长适温为17－28℃，l2℃以下或30℃以上病菌生长受到抑制，故苗床温度较高，幼苗徒长时发病重。土壤湿度偏高，土质粘重以及排水不良的低洼地发病重。光照不足，光合作用差，植株抗病能力弱，也易发病。
西瓜立枯病在低温潮湿的环境易发病。
