选择抗性强品种，合理密植，做好水肥管理工作，按时施肥施药，做好病虫害防治工作。
棉花黄萎病可用高锰酸钾防治。
高锰酸钾可以用来防治棉花的黄萎病。
播种期间用药对种子和土壤进行消毒。发病初期及时用3％噁霉·甲霜水剂30-40毫升加水50-60公斤灌根，或用3％噁霉·甲霜水剂300-500倍液喷雾，10天一次，连续防治3-4次。
加强田间管理，培育健壮植株：①开沟浇灌：开沟浇水，切勿大水漫灌，防止病菌随流水蔓延造成棉花黄萎病大面积发生流行；②增施有机肥：有机肥丰富全面的养分可促进棉花生长健壮，进而提高棉花的抗性；③勤深中耕：勤中耕破除土壤板结，增加土壤通透性，促进根系发育，使全株健壮，增强棉株抗病性；④及时清洁发病田：在病田定苗、整枝、打顶时，及时清除病株枝叶，在田外深埋或烧毁，减少病菌在土壤耕层的积累，降低发病程度。
